Los perfumistas no se han limitado a buscar y obtener los aromas vegetales de las partes externas de árboles y plantas, sino que han investigado también sus raíces y rizomas, es decir, aquellas partes donde los minerales de la tierra se transforman en su alimento y les confieren sus peculiares características. Entre esas plantas, la más importante es el lirio, de cuyas especies el perfumista utiliza el Iris florentina e I. pallida, que se cultivan en el norte de Italia y en Marruecos. El proceso para la obtención de su esencia es lento, ya que el rizoma debe tener por lo menos tres años en el momento de recolectarlo, y ha de permanecer otros tres años secándose, antes de triturarlo, macerarlo en agua destilada y destilar la mezcla. Para obtener 1 kg de aceite esencial se necesitan quinientos de rizomas de la planta, lo cual, independientemente de su exquisita fragancia, encarece notablemente el producto.
Otras plantas cuyas raíces son utilizadas en la elaboración de esencias son: la valeriana (Valeriana officinalis); el espinacardo (Andropogon squarrosus); el jengibre (Zingiber officinale); el levístico (Levisticum officinale) y el vetiver (Vetiveria zizanoides).La esencia que se extrae de las raíces del vetiver es uno de los elementos clásicos de los perfumes encuadrados en la familia Chipre.